Деятельность Контрольно-счетного органа основывается на принципах законности, объективности, эффективности, независимости и гласности.
На основании статьи 47 Устава города Боготола Контрольно-счетный орган города Боготола:
- Контрольно-счетный орган города Боготола является постоянно действующим органом внешнего муниципального финансового контроля, образуется городским Советом депутатов и подотчетен ему.
- Контрольно-счетный орган обладает организационной и функциональной независимостью и осуществляет свою деятельность самостоятельно.
- Деятельность Контрольно-счетного органа не может быть приостановлена, в том числе в связи с досрочным прекращением полномочий городского Совета депутатов.
- Структура, состав, штатная численность, полномочия и порядок деятельности Контрольно-счетного органа устанавливаются нормативным правовым актом городского Совета депутатов.